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由于細菌各自的酶系統不同，新陳代謝的產物也有所不同，而這些產物又各具有不同的生物化學特性。為此，可利用生物化學的方法來鑒別一些在形態和其它方面不易區別的細菌，這種試驗稱為細菌的生化反應試驗。
1、在培養物中加入某種底物與指示劑，經接種、培養后，觀察培養基的PH值變化。
2、在培養物中加入試劑，觀察它們同細菌代謝產物所生成的顏色反應。
3、根據酶作用的反應特性，測定酶的存在。
4、根據細菌對理化條件和藥品的敏感性，觀察細菌的生長情況。
生化試驗的注意事項
1、待檢菌應是新鮮培養物。培養18-24h。
2、待檢菌應是純種培養物。
3、遵守觀察反應的時間。觀察結果的時間，多為24或48小時。
4、應做必要的對照試驗。
5、提高陽性檢出率，至少挑取2-3個待檢的疑似菌落分別進行試驗。
生化試驗分類
（一）糖類代謝試驗
（二）氨基酸和蛋白質代謝試驗
（三）有機酸鹽和銨鹽代謝試驗
（四）酶類試驗
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