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多種不同方法可用于研究程序性細胞死亡或細胞凋亡。 細胞死亡是復雜的、動態(tài)級聯(lián)反應過程，這意味著應用多參數(shù)評估細胞凋亡方法的重要性。 了解細胞死亡和存活機制是毒理分析和藥物應用中一個非常關(guān)鍵的內(nèi)容。 

細胞 光學顯微鏡和倒置顯微鏡
（1） 未染色細胞：凋亡細胞的體積變小、變形，細胞膜完整但出現(xiàn)發(fā)泡現(xiàn)象，細胞凋亡晚期可見凋亡小體。
貼壁細胞出現(xiàn)皺縮、變圓、脫落。
（2） 染色細胞：常用姬姆薩染色、瑞氏染色等。凋亡細胞的染色質(zhì)濃縮、邊緣化，核膜裂解、染色質(zhì)分割
成塊狀和凋亡小體等典型的凋亡形態(tài)。
2 熒光顯微鏡和共聚焦激光掃描顯微鏡
一般以細胞核染色質(zhì)的形態(tài)學改變?yōu)橹笜藖碓u判細胞凋亡的進展情況。
常用的DNA特異性染料有：HO 33342 (Hoechst 33342)，HO 33258 (Hoechst 33258), DAPI。三種染料與 DNA的結(jié)合是非嵌入式的，主要結(jié)合在DNA的A-T堿基區(qū)。紫外光激發(fā)時發(fā)射明亮的藍色熒光。