醫院污水處理工藝的選擇是醫院污水處理的關鍵，合適的污水處理工藝與工藝流程直接影響到醫院污水的處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。確定工藝流程要依據醫院的性質、處理要求、排污去向以及技術條件等因素。醫院污水處理流程的選擇需要根據醫院的規模、性質來選定。根據醫院分類，分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。
醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。
一、醫院廢水處理流程工藝選擇原則
1、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
2、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
3、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
4、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
二、二級處理流程
(1) 工藝流程說明
二級處理工藝流程為“調節池生物氧化接觸消毒”。醫院污水通過化糞池進入調節池。調節池前部設置自動格柵。調節池內設提升水泵，污水經提升后進入好氧池進行生物處理，好氧池出水進入接觸池消毒，出水達標排放。 調節池、生化處理池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運焚燒。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先獨立消毒后，通過下水道進入化糞池或單獨處理（如虛線所示）。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統。
(2) 工藝特點
好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。
