質(zhì)粒分為嚴(yán)緊型和松弛型復(fù)制。

根據(jù)質(zhì)粒DNA復(fù)制與宿主之間的關(guān)系或在宿主細(xì)胞的拷貝數(shù)的多少，可以將質(zhì)粒分為兩種不同的復(fù)制類型：嚴(yán)緊型和松弛型。嚴(yán)緊型質(zhì)粒復(fù)制受宿主染色體DNA復(fù)制的嚴(yán)格控制，拷貝數(shù)較小一般只有1~3個拷貝。疏松型質(zhì)粒的復(fù)制宿主的控制比較松，在宿主中的拷貝數(shù)比較多，一般有10~200個拷貝，有時可達(dá)到700個。

按基因轉(zhuǎn)移性：
分兩類：
（1）傳遞性質(zhì)粒：常為大型、嚴(yán)緊型質(zhì)粒；
（2）非傳遞性質(zhì)粒：多為小型、松弛型質(zhì)粒。
按遺傳性狀、產(chǎn)物分類：
（1）抗生素抗性：如氨芐西林、氯霉素抗性；
（2）限制酶-修飾酶（R-M）系統(tǒng)：如hsdR-菌株可使DNA甲基化，但不限制外源DNA；hsd-菌株為限制和甲基化雙缺陷型。

人工構(gòu)建的質(zhì)粒載體分類：
高拷貝數(shù)的質(zhì)粒載體：ColE1、pMB1派生質(zhì)粒具有高拷貝數(shù)的特點(diǎn)。適合大量增殖克隆基因，或需要大量表達(dá)的基因產(chǎn)物。低拷貝數(shù)的質(zhì)粒載體：由 pSC101派生來的載體特點(diǎn)是分子量小的拷貝數(shù)。它有特殊的用途：當(dāng)有些被克隆的基因的表達(dá)產(chǎn)物過多時會嚴(yán)重影響寄主菌的正常代謝活動，導(dǎo)致寄主菌的死亡時，就需要低拷貝的載體。

失控的質(zhì)粒載體
這是一類溫度敏感型復(fù)制控制質(zhì)粒。如pBEU1、 pBEU2。
插入失活型克隆載體。載體的克隆位點(diǎn)位于其某一個選擇性標(biāo)記基因內(nèi)部。如pDF41、pDF42。

正選擇的質(zhì)粒載體
直接選擇轉(zhuǎn)化后的細(xì)胞。只有帶有選擇標(biāo)記基因的轉(zhuǎn)化菌細(xì)胞才能在選擇培養(yǎng)基上生長。