ChIP還可與DNA芯片和測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，用于高通量的篩選已知蛋白因子的未知DNA靶點(diǎn)和研究反式作用因子在整個(gè)基因組上的分布情況，這將有助于深入理解DNA-蛋白質(zhì)相互作用的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，了解一些疾病如癌癥、心血管疾病和中央神經(jīng)紊亂的發(fā)生的機(jī)制。

 
         基因組學(xué)和蛋白組學(xué)都將把染色質(zhì)作為研究對(duì)象，但兩個(gè)領(lǐng)域采用的方法各異。在基因組學(xué)研究中，研究人員通常從一個(gè)蛋白質(zhì)開(kāi)始研究，采用ChIP去找出與基因組關(guān)聯(lián)的蛋白質(zhì)。而蛋白組學(xué)研究采用的是反向方法，先用一個(gè)特殊的DNA序列作為尋找蛋白質(zhì)的誘餌；然后用ChIP去證實(shí)：那些蛋白質(zhì)就是在體內(nèi)與DNA序列相關(guān)聯(lián)的蛋白質(zhì)。 
   

              ChIP的原理很簡(jiǎn)單，就是選擇性地富集包含某一特定抗原的染色質(zhì)片段。傳統(tǒng)的ChIP包含以下幾個(gè)步驟：甲醛處理使蛋白質(zhì)與DNA交聯(lián)；超聲波將染色質(zhì)打斷成一定大小；通過(guò)抗體沉淀蛋白質(zhì)－DNA交聯(lián)復(fù)合體；用蛋白酶K處理，解除交聯(lián)，純化DNA；實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)DNA的量。雖然ChIP技術(shù)的原理不復(fù)雜，但是對(duì)技術(shù)的要求高，實(shí)驗(yàn)步驟的設(shè)計(jì)摸索耗時(shí)耗力，實(shí)驗(yàn)耗費(fèi)時(shí)間長(zhǎng)。