感染性的單鏈RNA病毒抗原會引起像感冒，腫瘤，艾滋病等一系列威脅人類健康的疾病。病毒的復制受到幾個水平的調控，其中包括保守的RNA結構的調控。病毒RNA基因組的大多數潛在的調控元件并沒有明顯的特點。在這里，我們運用SHAPE技術（一種高通量RNA分析技術）得出了HIV-1全RNA基因組的結構。RNA除了與蛋白質的一級結構序列相關外，RNA的結構還和HIV蛋白的結構域形成有關。這些關聯說明RNA的結構調節核糖體的延伸來促使蛋白折疊。當然該RNA的結構也包括核糖體結合翻譯區，聚合酶識別區和環狀結構。同時我們也確定了HIV病毒RNA的剪切位點和高突變區域。這些結果指出了HIV-1的基因組及其編碼RNA很有可能被一些尚未被識別的調控結構阻斷，也指出了RNA的結構在基因編碼中發揮著重要作用。
